Родилась в Лондоне, детство провела в Беркшире. Отец работал звукорежиссёром в театре, мать занималась бизнесом. Получила театральное образование в Лондонском драматическом центре (англ. Drama Centre London), который закончила в 2009 году.

Во время обучения сыграла в нескольких спектаклях Центра: драмах Awake and Sing, The Hot L Baltimore, Wild Honey (букв. «Дикий мёд») — адаптации ранней пьесы Чехова, известной в России как Безотцовщина (другие названия — Пьеса без названия и Платонов), трагедиях Гамлет, Эмилия Галотти, The Changeling, комедиях Пигмалион, Сон в летнюю ночь, Ревизор (The Government inspector), A Flea In Her Ear, а также роль в пьесе Sense (букв. Ощущение) старейшего некоммерческого театра Лос-Анджелеса англ. Company Of Angels, в 2009 году.

В том же году снялась в телерекламе британской телефонной и Интернет-службы психологической поддержки Самаритяне (Samaritans). В 2010 году была утверждена на роль Дейенерис Таргариен[6] в телесериале HBO Игра престолов, после отказа от участия в проекте Тамзин Мерчант, которая планировалась на эту роль ранее. Была удостоена за неё премии EWwy Award (англ.) 2011 года журнала Entertainment Weekly в категории «Лучшая драматическая актриса второго плана» (Best Supporting Actress in a Drama).

Весной 2013 года Эмилия перенесла разрыв аневризмы сосудов головного мозга после своего выступления в «Завтраке у Тиффани» на Бродвее и прошла курс лечения в New York Presbyterian/Weill Cornell Medical Center.